Geschiedenis
Het Nederlands Herseninstituut ontstond op 1 juli 2005 uit de fusie van het Nederlands Instituut voor Hersenonderzoek en het Interuniversitair Oogheelkundig Instituut, beide instituten van de Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen (KNAW), maar met een heel verschillende achtergrond.

Het Nederlands Instituut voor Hersenonderzoek werd al aan het begin van de vorige eeuw opgericht, naar aanleiding van een bijeenkomst van de International Association of Academies in Parijs in 1901, die een aantal jaren later, in 1904, resulteerde in de oprichting van de International Academic Committee for Brain Research. In de daaropvolgende jaren werden in Europa diverse instituten voor hersenonderzoek geopend, waaronder, op 8 juni 1909, wat toen nog het Nederlands Centraal Instituut voor Hersenonderzoek heette. Onder de bezielende leiding van de eerste directeur, prof. Cornelius Ubbo Ariëns Kappers, van 1909 tot 1946, en die van zijn opvolgers verwierf het instituut een internationale reputatie als centrum voor excellent hersenonderzoek.
Oorspronkelijk was het onderzoek gericht op vergelijkende neuroanatomie, maar onder leiding van gerenommeerde wetenschappers zoals prof. Dick Swaab, die directeur was van 1978 tot 2005, ontwikkelde het instituut zich tot een multidisciplinair onderzoekscentrum, met uitstekende onderzoeksfaciliteiten, zoals de Nederlandse Hersenbank
Oogheelkundig instituut
Het Interuniversitair Oogheelkundig Instituut is van recenter datum. Het werd in 1972 opgericht door de oogheelkundige afdelingen van de universiteiten, met als doel een plek voor fundamenteel onderzoek te creëren. Aanvankelijk bestond het uit de afdeling Oftalmogenetica en de afdeling Visuele Systeemanalyse. De database voor oftalmogenetica, een unieke onderzoeksfaciliteit (gericht op onderzoek naar erfelijke oogziekten), werd in het leven geroepen door prof. Willem Delleman. Prof. Henk Spekreijse zette vervolgens de systematische functionele visuele systeem analyse op, waarmee het instituut een internationaal gewaardeerd centre of excellence voor onderzoek naar het zien werd. Het instituut bood een uitstekende infrastructuur voor genetisch- en functioneel-georiënteerd onderzoek en werd een broedplaats voor de huidige generatie opthalmologen. Tegen het eind van de vorige eeuw kwam het accent steeds meer te liggen op het functioneren van het visueel systeem en op de relatie tussen dit systeem en de hersenen.