Organogram
Het Nederlands Herseninstituut telt zeventien onderzoeksgroepen. Zij maken deel uit van de herseninstituutsgemeenschap en nemen deel aan (groeps)vergaderingen, seminars en sociale evenementen.
Alle zeventien groepen zijn gehuisvest in de gebouwen van het Herseninstituut en maken gebruik van de (lab)faciliteiten en andere diensten van het instituut. De medewerkers van veertien groepen zijn in dienst van het Herseninstituut en worden geleid door de directeur van het instituut. De medewerkers van drie groepen zijn werkzaam bij het Amsterdam UMC locatie AMC en worden (formeel) geleid door de directie van het Amsterdam UMC. De huidig directeur van het Herseninstituut is prof. Pieter Roelfsema. Vice-directeur is prof. Chris de Zeeuw.
Het Herseninstituut streeft naar een platte managementcultuur, waarin alle groepsleiders, jonge talenten en ondersteunend personeel zich vrij voelen om op alle niveaus van de organisatie te communiceren en waarin iedereen zijn of haar academische en technische vaardigheden kunnen ontwikkelen en floreren.